L’histoire se déroule lorsque l’Homme Masqué (Tobi) enferme Naruto et Sakura dans un monde parallèle où leur vie est totalement différente. Son objectif : mettre la main sur Kyûbi. Les retrouvailles avec ses parents est la chose la plus précieuse que Naruto désirait, même si ce n’était qu’un rêve. Maintenant, il est enfin prêt à arrêter l’Homme Masqué et son plan de l’Oeil de la Lune !