Shintarô Kisaragi, un NEET qui était enfermé dans sa chambre pendant deux ans, vivait sa vie normalement jusqu'à ce qu'il rencontre une cyber-fille nommée Ene qui apparut dans l'écran de son ordinateur lorsqu'un anonyme lui envoya un mystérieux e-mail un an plus tôt. Un jour, Ene fait bugger l'ordinateur de Shintarô, ce qui l'amènera à aller dehors pour la première fois en deux ans.
